De Nederlandse regering in Londen verklaarde Japan op 8 december 1941 de oorlog. Japan reageerde aanvankelijk met de mededeling dat het niet met Nederland in oorlog was. Toen begon Nederland vanaf 10 december 1941 Japanse koopvaardijschepen te torpederen. Toen dat bleef doorgaan reageerde Japan met een ultimatum van 28-12-1941. Er wordt gesteld dat Japan al voor de oorlog besloten had tot een invasie van Nederlands-Indië. Dit is onjuist, aangezien Japan langdurig via onderhandelingen geprobeerd heeft meer olie geleverd te krijgen. Pas na het mislukken daarvan en voortgaande oorlogshandelingen van Nederland zocht het een manier om in het bezit ervan te komen. Nederlands-Indië was namelijk de op drie na grootste exporteur van olie (na de Verenigde Staten, Iran en Roemenië). Japan zond vier zware en een licht vliegdekschip samen met vier snelle slagschepen van de Kongō-klasse, 13 zware kruisers en een groot aantal lichte kruisers en torpedobootjagers ter ondersteuning van de amfibische oorlogvoering; in aanvulling deed het aanvallen op steden, marine-etablissementen en schepen in de wateren bij Nederlands-Indië en in het Indische Oceaan-gebied.
Toegang tot de oliebronnen was het belangrijkste oorlogsdoel van de Japanners omdat Japan zelf weinig olievoorraden had. Het kon niet meer produceren dan 10% van wat het uiteindelijk nodig had, zelfs niet met het extraheren van olieschalie, wat te Mantsjoerije gedaan werd en waarbij gebruik werd gemaakt van het zogenaamde Fushun-proces. Japan verloor 93% van zijn olietoevoer toen president Roosevelt op 6 juli 1941 beval om alle Japanse tegoeden te bevriezen en een embargo zette op alle olietransporten naar Japan. De Nederlandse regering in Londen verbrak, na een dringend verzoek daartoe van de geallieerden en met de steun van Koningin Wilhelmina, haar economisch verdrag met Japan en sloot zich in augustus aan bij het embargo van de geallieerden. Japan had toen nog maar oliereserves voor anderhalf jaar. Omdat een oorlogsverklaring van de Verenigde Staten steeds waarschijnlijker werd als Japan het Oosten aan zou vallen maakte Japan plannen om de Amerikaanse vloot te vernietigen door deze toe te staan de eilanden te beschermen. Daarop volgde de aanval op Pearl Harbor.
Vanaf 10 december begon Nederland met het torpederen van Japanse koopvaardijschepen. Generaal Hisaichi Terauchi (ook bekend als graaf Terauchi), commandant van het Zuidelijke Leger, begon daarop met aanvallen op Borneo; op 17 december landden Japanse troepen bij Miri, een productiecentrum van olie in het noordelijk gedeelte van Sarawak; deze aanval werd gesteund door een oorlogsschip, vliegdekschip, drie kruisers en vier torpedobootjagers. Japan vervolgde de strijd met luchtaanvallen op sleutelposities en verkreeg vervolgens suprematie in het luchtruim.
De luchtaanvallen werden gevolgd door landingen op verschillende plaatsen, met name op vliegvelden en andere belangrijke strategische posities. In aanvulling op de landing bij Miri vonden tussen 15 december 1941 en 19 januari 1942 landingen plaats te Seria, Kuching, Jesselton en Sandakan.
Nadat deze objecten veroverd waren, was het plan van de Japanners de strijd naar het zuiden uit te breiden. Hierbij zetten zij de Eastern Force, Centre Force en Western Force in.
Het doel hiervan was direct de oliereserves in Nederlands-Indië in bezit te krijgen. De Eastern Force moest naar Jolo en Davao City optrekken en vervolgens Celebes, Ambon en Timor veroveren, waarbij ze tevens de flank van de Centre Force dekte. De Centre Force had als opdracht om de olievelden en luchthavens op Tarakan en Balikpapan in te nemen. Beide groepen dienden de Western Force te ondersteunen, die intussen de olieraffinaderijen en vliegvelden te Palembang aanviel. Deze gecombineerde Japanse aanval begon op 11 januari met de landing te Tarakan.
Om de strijd tegen de Japanners te coördineren voegden de Engelse, Nederlandse, Amerikaanse en Australische regeringen de aanwezig zee- en landmachttroepen samen in het American-British-Dutch-Australian Command (ABDA). Dit commando werd in werking gesteld op 15 januari en tot zijn commandant werd veldmaarschalk Archibald Wavell benoemd. Overige belangrijke commandanten waren luchtmachtcommandant George Brett, Henry Pownall (chef van de staf), Thomas C. Hart (zeemacht), Hein ter Poorten (grondtroepen) en Richard Peirse (luchtmacht). Hoewel de troepen samenwerkten hadden ze ieder eigen ideeën over hoe de oorlog gevoerd moest worden. De Engelsen wilden vooral het grondgebied van Singapore en de oostelijke ingangen naar de Indische Oceaan (de weg naar Ceylon en Brits-Indië) beschermen, de Amerikanen en Australiërs wilden niet dat er werd geavanceerd tot in Zuidwest Azië, omdat dit te veel troepen zou kosten die dan niet beschikbaar waren voor een tegenaanval en Nederland zag Java en Sumatra ("het tweede thuisland, waar men al drie eeuwen geleefd en gehandeld had") als de meest belangrijke punten om te verdedigen.
Maar zelfs de kracht der gecombineerde strijdkrachten kon de Japanse opmars niet stuiten of zelfs maar vertragen. Dit was deels te wijten aan de veel grotere Japanse strijdmacht. Om de strijd aan te binden met de offensieve Japanse marine strijdmacht had de ABDA een groot aantal schepen beschikbaar, waaronder die van de United States Asiatic Fleet (die net klaar was met het werk in de Filipijnen), een paar Amerikaanse en Australische schepen en Nederlandse marine-eenheden, die eerder dienst hadden gedaan in Nederlands-Indië. De belangrijke zeekracht bestond uit het vliegdekschip Langley en de torpedobootjager Childs, twee zware kruisers (Houston en Exeter), zeven lichte kruisers (De Ruyter, Java, Tromp, Marblehead, Boise, Hobart en Perth), 22 torpedobootjagers en , waarschijnlijk nog het meest belangrijke deel van de vloot, 25 Amerikaanse en Nederlandse onderzeeboten (hoewel de Nederlandse schepen in slechte toestand verkeerden). De vloot had zijn basis op Java en moesten de centrale en westelijke zijde van de driehoofdige Japanse aanvalskracht aanvallen. Die Japanse strijdkracht was in het centrum opgebouwd uit de lichte kruiser Ryujo, de vliegdekschepen Sanyo Maru en Sanuki Maru, drie lichte kruisers en zestien torpedobootjagers. De westelijke macht was samengesteld uit vijf zware kruisers en zeven torpedobootjagers. Daar kwamen nog eens vier vliegdekschepen (Akagi, Kaga, Hiryu en Soryu) en nog eens vier Kongō-klasse slagschepen bij.
Tarakan werd op 13 januari veroverd; de Japanners gebruikten het vliegveld aldaar al vanaf de 17de als een vooruitgeschoven luchtmachtbasis en veroverden Balikpapan op 26ste januari.
Het Nederlandse garnizoen had in beide gevallen voor de verovering door de Japanners de oliebronnen verwoest; verscheidene Japanse schepen waren vernietigd of ernstig beschadigd door marine- en luchtaanvallen van de geallieerde troepen maar de Nederlandse troepen werden in beide gevallen tot overgave gedwongen.
Op 28 januari hadden de Japanners het vliegveld van Balikpapan veroverd en konden gevechtsvluchten van daaruit plaatsvinden. Menado (Celebes) werd veroverd op 11 januari, Kendari op 24 januari en Makassar op 9 februari. Op 10 februari viel Bandjermasin, de hoofdstad van Nederlands Borneo en vervolgens Bali op 19 februari. Het vliegveld aldaar werd gebruikt om de zeeroute tussen Australië en Java vanuit de lucht te beheersen. Toen februari aanbrak waren de Japanse troepen geland op Sumatra en bewerkstelligden zij een nationalistische opstand te Atjeh.
Vrijwel alle delen van de geallieerde marine werden vernietigd tijdens de Eerste Slag in de Javazee, in de Straat van Soenda en in de Tweede Slag in de Javazee. Het enige Amerikaanse schip, groter dan een torpedobootjager, dat de veldslagen overleefde was de kruiser Marblehead. Daarnaast werden de geallieerde troepen op het vasteland spoedig verslagen en zelfs het meest volhardende verzet werd binnen twee maanden na de eerste aanvallen tot zwijgen gebracht. Alleen op Timor duurde de strijd langer. Het ABDA-commando viel uiteen om 1 uur 's nachts op 1 maart, minder dan twee maanden na de formatie ervan, toen admiraal Conrad Helfrich (gouverneur-generaal van Nederlands-Indië) zijn ambt neerlegde. Geallieerde operaties in Nederlands-Indië, behalve op Sumatra, werden later voortgezet door het South West Pacific Area-commando onder generaal Douglas MacArthur.
Omstreeks dezelfde tijd bedreigden zij ook Tarakan op noordoost Borneo, een belangrijk centrum voor de productie en distributie van olie. Op 27 februari werd de geallieerde vloot verslagen tijdens de Slag in de Javazee en van 28 februari tot 1 maart 1942 landden de Japanse troepen vrijwel ongestoord op vier plaatsen langs de noordkust van Java. Op 8 maart 1942 gaven de geallieerde troepen in Nederlands-Indië zich over aan Japan, de bondgenoot van nazi-Duitsland. Het gevolg was dat tussen 1942 en 1945 ongeveer 132.000 Nederlanders opgesloten als krijgsgevangenen naar Jappenkampen werden gezonden en de duizenden Indonesische vrijheidsstrijders vrijgelaten werden. Europese burgers en Indische Nederlanders werden opgesloten in Japanse interneringskampen. Indonesische en Japanse burgers werden op strategische posten geplaatst. Ze leefden daar onder erbarmelijke omstandigheden en waren onderworpen aan de willekeur en de wreedheid van de Japanse bezetter. Naar schatting hebben 16.000 landgenoten dat niet overleefd. Het nieuws van de bevrijding van het Nederlandse gouvernement werd in eerste instantie door de Indonesiërs met groot enthousiasme ontvangen. Zij begroetten het Japanse leger met gejuich, vlaggen en leuzen als Japan is onze oudere broer en Banzai Dai Nippon! Dat had ook te maken met een legende uit de dertiende eeuw. Daarin was verteld dat na jaren van buitenlandse overheersing er een geel volk zou komen dat maar kort zou overheersen. Daarna zou er de bevrijding zijn. Toen de Japanners verder avanceerden, vermoordden Indonesische rebellen in vrijwel elk deel van de archipel kleine groepen Europeanen (vooral Nederlanders) en verraadden grotere groepen aan de Japanners. In Atjeh ontstond zelfs al voor de komst van de Japanners een opstand tegen het Nederlandse gouvernement. Een bekende Indonesische schrijver, Pramoedya Ananta Toer, noteerde: bij de aankomst van de Japanners was iedereen vol hoop, behalve zij die in dienst van de Nederlanders hadden gewerkt.
Veel krijgsgevangenen werden door de Japanners onthoofd.
De Japanse bezetter werd in eerste instantie door de Indonesiërs als bevrijder begroet maar deze mening werd al snel herzien. Het politieke beleid wisselde naarmate de oorlog vorderde maar globaal zag de Japanse bezettingsmacht de Indonesiër als een dienaar van de Japanse oorlogsbehoefte. Tijdens de Japanse bezetting nam de populariteit van de Indonesische Vrijheidsbeweging toe. In juli 1942 accepteerden leidende nationalisten als Soekarno het Japanse aanbod om Indonesiërs in te schakelen ten behoeve van de Japanse oorlogsindustrie. Zowel Soekarno als Mohammed Hatta kregen in 1943 een hoge onderscheiding van de Keizer van Japan. De Japanse bezetter verdeelde Indonesië in drie regio's: Sumatra werd geplaatst onder het commando van het 25e leger, Java en Madoera werden geplaatst onder het 16e en Borneo en Oost-Indonesië werden bestuurd door de 2e zuidelijke marinevloot.
Het 16e en 25e leger kregen hun hoofdkwartier te Singapore en bestuurden daarnaast Brits Maleisië tot april 1943, toen het bestuur werd beperkt tot Sumatra en het hoofdkwartier werd verplaatst naar Bukittinggi. Het 16e leger had zijn hoofdkwartier te Jakarta, terwijl de 2e zuidelijke vloot zijn basis te Makassar had.
De ervaring van de inwoners van Nederlands-Indië met de Japanse bezetter was afhankelijk van waar men woonde en welke sociale positie men had. Diegenen die in gebieden woonden die belangrijk waren voor de Japanse oorlogsindustrie werden gemarteld of als seksslaaf gebruikt.
Zonder reden konden ze gearresteerd en geëxecuteerd worden of van oorlogsmisdaden worden beschuldigd. Vele duizenden mensen werden als werkkrachten (romoesja) weggevoerd van Indonesië om ten dienste van militaire objecten, zoals de Birmaspoorweg te worden ingezet. Velen stierven als een gevolg van de slechte behandeling en uithongering. In totaal werden tussen de 4 en 10 miljoen romoesja's van Java gedwongen ten behoeve van de Japanse oorlogsindustrie te werken. Omstreeks 270.000 van deze Javanen werden naar andere gebieden in Zuidoost-Azië gestuurd, waarvan slechts 52.000 terugkeerden; dit betekende dat er een sterfte van 80% had plaatsgevonden. Nederlandse burgers, andere Europeanen en Indo's waren een belangrijk doelwit van de Japanners; zij werden geïnterneerd in kampen. Vrijwel alle Europese en Indo-Europese mannen waren actief geweest binnen het Indische leger of voor het gouvernement en werden geïnterneerd als krijgsgevangenen. De krijgsgevangenkampen kenden een sterftecijfer dat boven de 25% lag.
Miljoenen doden
Tijdens de Tweede Wereldoorlog stierven tienduizenden Indonesiërs; ze werden te werk gesteld als slavenarbeiders of gedwongen hun huis te verlaten. In de Nationale Revolutie die volgde stierven nog eens honderdduizenden mensen (ook burgers) in gevechten tegen de Japanners, de geallieerde troepen en tegen elkaar, vóórdat de onafhankelijkheid werd bereikt. In een rapport van de Verenigde Naties stond dat 4 miljoen mensen in Indonesië ten tijde van de Japanse bezetting stierven als gevolg van hongersnood, moord, doodslag, marteling en gedwongen tewerkstelling, vóórdat de Indonesische onafhankelijkheid werd bereikt. Dat aantal was inclusief de 30.000 Europese burgers die overleden in interneringskampen door honger, uitputting of martelpraktijken. Duizenden vrouwen werden misbruikt als seksslavinnen (“troostmeisjes”) in Japanse bordelen. In dezelfde tijd werden hele spoorweglijnen, spoorwegmaterieel en industrieën op Java gedemonteerd en naar Japan en Mantsjoerije verscheept. Rapporten van de Britse geheime dienst meldden dat tijdens de bezetting grote hoeveelheden materieel, dat dienst kon doen tijdens de oorlog, verplaatst was.
De belangrijkste man naast Soetan Sjahrir, die de ondergrondse studentenbeweging leidde, was de linkse politicus Amir Sjarifoeddin, die in 1942 een bedrag van 25.000 gulden van het Nederlandse bestuur had gekregen om een verzetsgroep te organiseren met behulp van zijn marxistische en nationalistische relaties. De Japanners arresteerden hem in 1943 en hij kon slechts aan de doodstraf ontsnappen doordat Soekarno intervenieerde, wiens populariteit in Indonesië door de Japanners werd erkend en die dus belangrijk voor de Japanners was. De belangrijkste overige pro-geallieerde verzetsgroepen waren verder te vinden bij de Chinezen op Ambon en Menado.
Indonesisch nationalisme
Het onafhankelijksstreven is al ver vóór de Tweede Wereldoorlog zichtbaar. “Er waren permanent protesten en er werden suikerrietvelden in brand gestoken. Dat kwam voort uit onderdrukking”, zegt historicus Remco Raben van de Universiteit van Amsterdam. In 1912 is de Indische Partij, geleid door Eduard Douwes Dekker, een achterneef van schrijver Multatuli, de eerste die het openlijk over onafhankelijkheid heeft. De partij roept om tot een “Indië voor den Indiër, voor ons, die eerste bezitsrecht hebben door geboorte”. Daarna broeit het vooral onder intellectuelen, zoals de latere president Soekarno, om verzet tegen het koloniale regime. “Nederland besefte dat niet goed”, zegt Raben. “Het dacht dat het kolonialisme ook goede kanten had en dat de meeste Indonesiërs het daarmee wel eens waren. Op de onafhankelijkswens werd repressief gereageerd. Mensen werden verbannen, naar werkkampen gestuurd of, zoals Soekarno, opgepakt wegens gezagsondermijning”.
Tijdens de bezetting moedigde de Japanse bezetter Indonesische nationalisme aan en steunde deze, richtte nieuwe Indonesische instituten op en ondersteunde nationalistische leiders, zoals Soekarno. In de jaren voor de oorlog had het Nederlandse gouvernement wel maatregelen genomen tot het onderdrukken van nationalistische sentimenten, zodat de Japanners het van fundamenteel belang achtten deze sentimenten zo veel mogelijk te steunen ten behoeve van de komende Indonesische onafhankelijkheid.
Binnen twee maanden na de bezetting van Japan stonden de Japanners echter niet meer toe dat het woord Indonesië in politieke zin voor het land werd gebruikt, noch stonden zij toe dat de nationalistische rode en witte vlag langer werd gebruikt.
Feitelijk werd "iedere discussie, organisatie, speculatie of propaganda betreffende de politieke organisatie of het gouvernement van het land" (ook in de pers) absoluut verboden. Nederlands-Indië werd opgesplitst in drie aparte regio's, die het zuidelijk territoriaal gebied (in het Indonesisch: Daerah Selatan) werden genoemd. Terwijl Tokio bezig was de onafhankelijkheid van de Filipijnen in 1943 voor te bereiden, besloot Japan tegelijkertijd de Indonesische eilanden te annexeren en bij het grote Japanse Rijk te voegen. Pas laat in het jaar 1944, toen de oorlog voor Japan een keerpunt had bereikt, begonnen de Japanners echter de nationalisten serieuze ondersteuning te bieden. De Japanse bezetter zag Java als het meest ontwikkeld op politiek gebied, maar economisch als het minst belangrijk; de bevolking was de belangrijke bron voor Japan. Als zodanig en in tegenstelling tot het eerdere Nederlandse bewind, moedigde Japan het nationalisme op Java aan en vergrootte zo zijn politieke invloed. Op een soortgelijke wijze trachtte het later Sumatra, met zijn rijke grondstoffen, te sturen, maar dat was pas nadat duidelijk was geworden dat Japan de oorlog zou gaan verliezen. De buitenste eilandring, die onder bewind stond van de marine, werd gezien als politiek achterlijk maar economisch zeer belangrijk voor de Japanse oorlogsindustrie; deze regio werd het meest actief bestuurd. Deze verschillen van de Japanse bezetter in de stimulering van het nationalisme in de verschillende gedeelten van Indonesië zouden later van grote invloed blijken op de loop van de Indonesische Revolutie in de jaren die volgden op de onafhankelijkheid (1945-1950).
Om steun te verkrijgen en het Indonesische volk te mobiliseren in de oorlog tegen de geallieerden moedigde de Japanse bezetter nationalistische bewegingen aan en ronselde zij in april 1943 Indonesische nationalistische leiders als Soekarno, Hatta, Ki Hadjar Dewantara en Kyai Haji Mas Mansyur om de steun te verkrijgen voor mobilisatiecentra (Putera, Jawa Hokokai genoemd, op 1 maart 1944 opgericht).
Een deel van de gemobiliseerde bevolking aldaar werd later gedwongen te werk gesteld als romusha's. Japanse militairen verzorgden ook trainingen voor de Indonesische jeugd en voorzagen deze van wapens; ook werd een vrijwilligersleger geformeerd onder de naam Pembela Tanah Air (PETA, verdedigers van het vaderland). Oorspronkelijk was het de bedoeling dat de aldus getrainde jeugd de afnemende macht van Japan zou helpen ondersteunen.
Later werd dat een belangrijke aanvulling van de militaire krachten van de Indonesische Republiek tijdens de Politionele Acties in de jaren 1945-1949. Dit vormde onder meer de basis tijdens de formatie van het Tentara Nasional Indonesia (Indonesische leger) in 1945.
Op 29 april 1945 vormde de Japanse bezettingsmacht het Onderzoekscomité ter voorbereiding op de Indonesische onafhankelijkheid (Badan Penyelidik Usaha Persiapan Kemerdekaan Indonesia of BPUPKI, een Japans georganiseerd comité voor de onafhankelijkheid van Indonesië.
De organisatie werd opgericht door luitenant-generaal Kumakichi Harada, commandant van het 16e leger op Java. Binnen het comité werd onder meer de Indonesische onafhankelijkheidsverklaring voorbereid.
In aanvulling op het Indonesisch nationalisme maar even belangrijk voor de komende onafhankelijkheidsstrijd en de nationalistische revolutie was de door Japan georganiseerde economische, politieke en sociale ontmanteling en vernietiging van de Nederlandse koloniale staat Nederlands-Indië.
HET EINDE VAN DE BEZETTING
Generaal MacArthur was van plan geweest met de geallieerde troepen Java in 1944-1945 te bevrijden maar kreeg orders van zijn superieuren en president Roosevelt daarvan af te zien. De Japanse bezetting eindigde derhalve met de capitulatie van Japan; twee dagen later riep Soekarno de Indonesische onafhankelijkheid uit. De bevrijding van de geïnterneerden in de jappenkampen verliep traag; Soekarno, die veel Japanse contacten had, overtuigde zijn landgenoten ervan dat deze gevangenen nog steeds een gevaar vormden voor de Indonesische vrijheidsbeweging. Deels omdat de gevangenen politiek wisselgeld vormden maar grotendeels om hen nog verder te vernederen dwong Soekarno de westerse gevangenen in Japanse concentratiekampen, die nog steeds geleid werden door Japanse soldaten, te verblijven. Soekarno koos hier speciaal voor, hoewel er genoeg Indonesische manschappen als bewakers beschikbaar waren, om zijn autoriteit te handhaven. De omstandigheden in de kampen werden intussen iets beter doordat het Rode Kruis materiaal beschikbaar stelde en de geallieerden de meest wrede bewakers naar huis hadden gestuurd. Na vier maanden werden de westerse geïnterneerden vrijgelaten op voorwaarde dat ze Indonesië zouden verlaten.
Het grootste gedeelte van het Japanse militaire personeel en de civiele koloniale administrateurs werd gerepatrieerd naar Japan, met uitzondering van een paar honderd man, die werden vastgehouden voor onderzoek naar oorlogsmisdaden. Enkelen werden later voor de Temporaire Krijgsraden gedaagd. Meer informatie over deze krijgsraden is te vinden op: https://www.indischekamparchieven.nl/nl/bezetting-en-bersiap/vervolging-en-berechting. Omstreeks 1.000 Japanse soldaten deserteerden van hun eenheden en assimileerden met lokale gemeenschappen. Veel van deze soldaten steunden de nationalisten tijdens de Politionele Acties. Het laatste stadium van oorlogsvoering vond plaats in oktober 1945 toen, in overeenstemming met hun voorwaarden voor capitulatie, de Japanners trachtten de macht en invloed terug te krijgen die zij bij de Indonesiërs in de steden en dorpen hadden gehad. De Japanse militaire politieagenten vermoordden op 3 oktober de republikeinse Pemuda in Pekalongan en de Japanse troepen verdreven de republikeinse Pemuda uit Bandoeng; zij droegen vervolgens de stad over aan de Engelsen.
De hevigste gevechten vonden plaats in Semarang. Op 14 oktober bezetten Engelse troepen de stad. Terugtrekkende republikeinse troepen vermoordden toen tussen de 130 en 300 Japanse krijgsgevangenen. Voordat de Engelsen waren gearriveerd waren al 500 Japanners en 2.000 Indonesiërs vermoord in hevige gevechten, waarbij het de Japanners bijna gelukt was de stad op de nationalisten terug te veroveren. Tot 1949 werden door het teruggekeerde Nederlandse gouvernement 448 zittingen inzake oorlogsmisdaden gehouden tegen 1.038 verdachten, waarvan 236 de doodstraf kregen.